大家好，提一个可能 stupid 的问题，因为对原始数据的概念和上游处理没有什么经验。
我一个师妹在处理 WES 数据时会做一个 mark duplicates 的过程，去掉重复序列，大体都是 PCR duplicates。我理解这个过程的重要性，但有一个困惑：
上游建立文库是将基因组打断为片段然后收集长度合适的序列，文库里面的序列按照我的理解应该是有不少完全一致的，这种完全一致的序列应该不属于 PCR duplicates 吧，我觉得它应该是跟 DNA 的拷贝数相关。也就是说我认为这种序列是有用的，但这种序列会被 mark duplicates 过程去除吗？相关原理和原因可以解释一下吗？
